科学家搭建全球首个作物黄萎病菌资源和基因组数据库

光明网 2020-11-16 21:33:59

光明网讯(记者 宋雅娟 张蕃) 近日,中国农业科学院植物保护研究所作物黄萎病研究团队与美国加州大学戴维斯分校联合牵头的“全球黄萎病菌基因组研究”计划取得重要进展,搭建了国际上第一个作物黄萎病菌资源和基因组数据库(Verticilli-Omics)并正式上线。用户可在该网站查阅收录的菌种资源信息、测序基因组可视化展示、数据挖掘和分析等工作。

据戴小枫研究员介绍,大丽轮枝菌是引起作物黄萎病的病原真菌,年均造成损失近百亿美元。该病原难以防控的重要原因是种群结构复杂,农业生产实践中缺少分子流行检测技术。针对这一难题,该团队联合国内外16家单位开展协同攻关,构建了迄今为止来源最丰富的菌种资源库,发起了“全球黄萎病菌基因组研究”计划。目前,团队已完成了基因组解析工作(全基因组159株、重测序3624株),搭建了Verticilli-Omics数据库1.0版本并开始线上运行。该数据库收录了来源10个国家26个寄主共8102份黄萎病菌菌种资源;释放了159个大丽轮枝菌全基因组数据,占目前全球已释放大丽轮枝菌基因组总数的85%;搭建了基因组可视化、基因功能检索、基因比对等分析平台。团队目前还在搭建Verticilli-Omics数据库2.0版本,主要展示全球大丽轮枝菌遗传变异组数据。

据了解,该研究得到国家重点研发计划政府间国际科技创新合作重点专项、中国农科院科技创新工程等项目支持。

农科所

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