《波斯王子 奇迹》的故事情节也与前作完全不同，主角将会开始一个全新的旅程。新作采用《刺客信条》的游戏引擎所开发，但并不是一部克隆的作品。新作的主角并不是当年的那一位王子。他只是一个流浪汉，在沙漠中进行着冒险和探索。当他的驴子跑掉，而不得不去追赶的时候，我们这位“王子”（还是少个更适合的名字啊）却迷失在沙漠风暴之中。在一切归于平静，灰尘也渐渐沉积之后，竟然发现自己身处于一个沙漠绿洲——伊甸园（GardenofEden）——之中；在这个被围墙所环绕的花园正中央是一颗生命之树（TheTreeofLife）。